嘉兴市食品工业协会成立于1985年，是嘉兴市早成立的行业协会之一。当时协会是事业编制的官办机构，和嘉兴市食品工业公司（后来和嘉兴市轻工公司合并为嘉兴市轻工业局）二块牌子一套班子，协会前三届的理事会、常务理事以上主要负责人极大部分为国家政府工作人员。2007年3月根据有关文件精神，嘉兴市食品工业协会在人员、经费等多方面正式与政府机关（市经贸委）脱钩，换届选举产生全部由食品工业企业领导担任的第四届协会理事会，并聘请了专职工作人员组成秘书处，成为完全市场化运作的社会团体。2017年11月市经信委下文，又脱钩了主管单位关系。
2007年嘉兴市食品工业协会转制后发展很快，会员企业从当初的50多家发展到目前已超过370家。
协会建有党支部、监事会、专家组、通讯员队伍、劳动争议调解委员会、食品文化研究室，会计电算化、网站、QQ群、微信群、简报等，运行规范门类齐全。
协会活动丰富活跃，细分行业研讨会、主题培训班、各类考察学习、组织展销会、年会等；认真完成政府委托的各项任务：端午裹粽大赛、企业诚信管理体系建设、黄酒品酒师职业技能竞赛、裹粽工职业技能竞赛、食品行业调研等服务于企业；积极发挥政府与企业之间的纽带桥梁作用，把企业的诉求呼声反馈给政府部门，把国家的政策，包括产业发展、食品安全要求等告诉企业，推动嘉兴食品行业健康发展。协会工作也得到社会和企业的认可，嘉兴市政府领导多次对协会进行批示，对协会工作给予肯定并进行指示。经过严格的考核，2009年协会被评估为“AAAA”级社会组织，2012年又晋升为等级的“AAAAA” 级社会组织，2017年到期后又通过复审继续保持“AAAAA”级社会组织荣誉称号；2010年度被嘉兴市委、市政府授予“嘉兴市社会组织”称号，并在市三级干部大会上受到表彰，多年来荣获嘉兴市行业协会（商会）工作评价一等奖，协会党支部也多次被评为先进基层党组织。